Die Gedenkstätte Berliner Mauer hat die Aufgabe, die Geschichte der Berliner Mauer, die deutsche Teilungsgeschichte und die Geschichte der Fluchtbewegung aufzuarbeiten und der Öffentlichkeit zugänglich zu machen. Um dieses Ziel zu erreichen, werden verschiedene Forschungs- und Publikationsprojekte durchgeführt, die zumeist im Arbeitsbereich „Forschung und Dokumentation“ angesiedelt sind. Die Gedenkstätte arbeitet bei solchen Projekten nach Möglichkeit mit anderen Institutionen zusammen.
Die Todesopfer an den Grenzen Berlins 1948/49 bis 1961
Im Anschluss an das gemeinsam mit dem Zentrum für Zeithistorische Forschungen Potsdam durchgeführte biographische Forschungsprojekt zu den Todesopfern an der Berliner Mauer wurde ein Projekt initiiert, das sich den Toten an den Berliner Grenzen vor 1961 widmet.
Der weiße Strich
Dieses Projekt verbindet die Geschichte von jugendlichem Aufbegehren und Opposition in der DDR mit der Geschichte von Protesten gegen die Mauer von West-Berlin aus.
Bilder der Mauer von Osten
Angesichts der Flut von Bildern, die die Mauer von ihrer – zumeist bemalten – Westseite zeigen, gibt es wenig Fotos, die von Osten aufgenommen worden sind. Das hängt damit zusammen, dass dort Fotografieren streng verboten und mit Haft bedroht war.
Die Grenzhelfer der DDR
Das Grenzregime der DDR bildete eine der Grundlagen für die Herrschaft der SED in der DDR und ihre langfristige Absicherung. Die Grenzanlagen bedeuteten für die Bewohner des Grenzgebiets eine Intensivierung von repressiven Maßnahmen, eine auch im DDR-Maßstab große Überwachung und eine zusätzliche Beschränkung der Freizügigkeit.
Bildband mit Farbbildern von Klaus Lehnartz
Klaus Lehnartz gehört sicherlich zu den interessantesten Fotografen der Mauer. Er hat sie seit dem 13. August 1961 bis zu ihrem Abriss immer wieder und ausdauernd fotografiert.
Das "System Grenze"
Die Fluchtbewegung aus der DDR – und später auch die Ausreisebewegung – wurde von der SED als eine Form kollektiver Verweigerung, nahezu als massenhafte Rebellion gegen ihre Herrschaftsansprüche wahrgenommen.

